2012년
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데스몬드가 앱스테르고 이탈리아 로마 지부로 납치된다. 애니머스를 통해 데스몬드의 조상 알테어 이븐 라 아하드의 기억을 쫓아 에덴의 조각들의 소재를 찾기 위해서였다. 워렌 박사와 조수 루시는 그를 '실험체 17호'로 명명했다. 이 경험으로 데스몬드는 '매의 눈' 능력을 자각하였고, 이 능력을 통해 자신의 방에서 실험체 16호가 남긴 메시지를 발견한다.
나.. 난 일개 바텐더일 뿐이라구!
얼마 후 앱스테르고는 마침내 알테어가 알 무알림을 쓰러뜨린 직후의 기억에서 에덴의 조각들의 위치 정보를 입수하는데 성공한다.
알테어의 기억을 통해 중요한 정보를 얻어낸 앱스테르고
앱스테르고 간부들은 더 이상 쓸모 없어진 데스몬드를 죽이려 하지만 루시의 도움으로 앱스테르고에서 탈출한다.
2012년
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루시와 데스몬드가 근처 은신처로 이동하여 암살단 동료 숀 헤이스팅스와 레베카 크레인을 만난다.
역사학자 숀과 엔지니어 레베카와의 만남
숀과 레베카는 둘 다 본래 암살단 혈통이 아니었다. 뛰어난 코딩 실력을 가진 전자 엔지니어 레베카는 아주 오래전에 암살단으로부터 직접 영입되었고, 숀은 그런 레베카에 의해 발을 들이게 됐다. 어릴 적부터 세상의 온갖 음모론과 미스테리에 흥미를 느꼈던 숀은 급기야 앱스테르고의 비밀을 파헤쳐 언론에 대책 없이 무작위로 폭로하다가 템플러에게 목숨의 위협을 받게 되었고, 그런 숀을 구해서 암살단에 영입한 것이 레베카였다. 그들은 어쌔신의 혈통을 가진 데스몬드를 통해 템플러가 이루려 하는 것을 와해하고자 했다. 데스몬드는 암살단이 싫어 집을 나왔었지만, 결국 현실을 받아들였다. 그는 자신의 목숨을 구한 루시의 요청에 따라 암살단이 하고자 하는 일을 당분간 함께 해주기로 결정했다.
또.. 또 하라고 이걸...?
데스몬드는 은신처에서 이번엔 레베카가 개량한 <애니머스 2.0>을 통해 또 다른 조상 에지오 아디토레의 기억을 쫓았다. 그 과정에서 그들은 로마 시스티나 대성당 아래의 성소에 도달했던 에지오의 기억을 통해 이수족 생존자 중 하나인 미네르바를 만났다. 그리고 일행은 그녀로부터 두 번째 태양 폭풍에 대한 경고와 이수족의 유적 대신전을 찾으라는 메시지를 듣는다.
듣고 있나요 데스몬드?
이때 데스몬드 일행이 있던 은신처에 워렌 비딕 일당이 들이닥친다. 일행은 이를 피해 이탈리아 암살단 지부였던 '몬테리조니' 지하 은신처로 이동한다.
이후 일행은 계속해서 에지오의 기억을 쫓아 끝내 에덴의 사과(2)가 콜로세움 지하 보관소에 숨겨졌다는 사실을 알아냈다. 일행은 곧바로 콜로세움으로 향했다.
에지오가 숨겨놓았던 선악과
이때 데스몬드는 콜로세움 지하에서 이수족의 또 다른 생존자인 유노의 잔영을 만난다. 그리고 그녀의 인도에 따라 마침내 에덴의 사과(2)를 얻는데 성공한다.
도도한 '유노'의 모습
'선악과'를 획득하는 데스몬드
그런데 데스몬드가 선악과에 손을 대는 순간, 갑자기 유노가 데스몬드의 몸을 조종해 루시를 데스몬드의 손으로 직접 죽이게 만든다.
사실 루시는 템플러의 이중 스파이였다. 유노는 그 사실을 알고 있었다. 루시가 앱스테르고에서 데스몬드를 빼내어 온 것도 모두 템플러의 지시대로 데스몬드의 신뢰를 얻어 선악과를 가로채기 위함이었다. 그리고 템플러는 이렇게 얻은 에덴의 조각들을 2012년 12월 21일, 마야 문명의 달력이 끝나는 날 인공위성에 장치해 우주 궤도로 쏘아 올려 마침내 전 인류를 컨트롤할 계획을 갖고 있었던 것이다. 그리하여 템플러들이 보여주는 것만 보고, 들려주는 것만 듣고, 느끼게 하는 것만 느끼게 되어 인간은 오직 하나의 생각 밖에 할 수 없는 존재가 될 것이고, 템플러들은 이러한 자유 의지의 통제를 분쟁이 없는 인류의 진정한 평화라 믿었다.
이를 알리 없는 데스몬드는 급작스러운 상황에 충격을 받고 정신을 잃는다.
히로인인 줄 알았던 루시의 허무한 죽음
데스몬드가 쓰러지자 숀은 데스몬드의 정신 분열을 막고자 그를 애니머스 안전모드에 집어넣었다. 그리고 데스몬드의 아버지이자 암살단의 현 리더인 윌리엄 마일즈에게 긴급히 연락하여 상황을 알린다.
한편 데스몬드의 의식은 애니머스 안전모드로 구현된 가상세계에서 그곳에 남아있던 실험체 16호의 잔념을 만나게 된다. 다행히 데스몬드는 그의 도움을 통해 정신 분열을 극복해간다.
드디어 만난 16호 '클레이 카츠마렉'
그리고 그 과정에서 계속된 에지오의 기억 추적을 통해 <피타고라스 사원> 은신처에서 대신전(중앙 보관소)'의 위치 좌표를 발견한다. 바로 뉴욕 주의 '터린'이었다.
피타고라스 사원의 숫자는 사실 '대신전' 위치의 좌표 값이었다.
이후 데스몬드의 의식은 마샤프 도서관에 당도했던 에지오와 알테어의 마지막 기억들과 완전한 동기화를 이루며 온전히 깨어나게 되었고, 이때 수천 년을 넘나드는 의식의 연결을 통해 시공간을 넘어 이수족의 또 다른 일원 쥬피터를 만나게 된다.
고대의 기억부터 많은 것을 전해주는 쥬피터
사실 데스몬드는 수백 세대를 거치며 이어온 혼혈(인류와 이수족 사이의) 중에 이수족과 가장 근접한 일종의 선택받은 자였다. 그들의 말에 따르면 두 번째 태양 폭풍이라는 거대한 재앙을 막기 위해 이수족이 오래전에 준비한 '대신전'을 입구를 열 수 있는 자는 데스몬드뿐이었다. 이처럼 애니머스를 통해 알테어의 지혜와 에지오의 능력, 선악과의 힘, 이수족의 선예까지 갖추게 된 데스몬드는 마침내 자신이 해야 할 일이 무엇인지를 깨닫는다.
바텐더의 용사 각성
한편, 정체불명의 존재가 해킹을 통해 데스몬드 팀에게 접촉을 해온다. 코드명 <에루디토>. 그들은 왜인지 암살단에게 협력하는 듯한 모습을 보였다. 그들은 스스로를 이수 시대를 목격한 자들이라 칭했다.