2017년
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10여 년 전부터 앱스테르고에 고용되어 일해온 천재 기술자 레일라 핫산은 앱스테르고에게 있어 골칫덩이였다. 능력은 누구보다 출중하지만 규칙을 매번 어기는 탓이었다. 템플러에게 있어 그들의 규칙을 지키지 않는다는 것은 매우 심각한 문제였다.
현재 레일라는 자신의 직속상관 시몬 해서웨이 교수의 명령으로 이집트에서 에덴의 조각을 찾고 있었다. 그러나 또다시 평소처럼 옆길로 새어서 딴짓을 했는데, 바로 알렉산드리아에서 발견한 고대 암살단 바예크의 미라를 통해 그의 기억을 탐사하는 것이었다. 이때 그녀가 사용한 <휴대용 애니머스>는 그녀가 직접 단독 개발한 것으로, 기존에 알려진 애니머스 기기들의 부작용도 거의 없을 뿐만 아니라 죽은 사람(시체)의 DNA를 통해 기억을 재생할 수도 있는 최신형 기기였다. 바예크와 아야는 아들 케무가 일찍 죽고 이후 자손이 없었기 때문에 다른 애니머스로는 유전자를 재생하는 것이 불가능했으나 레일라는 가능했던 것이다.
소피아와도 오래전부터 알고 지내온 엔지니어 레일라 핫산
결국 레일라는 임무 도중 앱스테르고의 눈밖에 나서 시그마 팀으로부터 습격을 받는다. 레일라는 혼입효과로 얻은 능력으로 습격자들을 처치하고 앱스테르고를 저주하며 대신 암살단과 행동을 함께 하기로 한다. 그녀를 설득한 것은 윌리엄 마일즈였다. 윌리엄은 지금보다 훨씬 자유로운 연구를 할 수 있다며 레일라를 꼬드겼다. 그러나 레일라는 암살단에게 가입하기보다는 일단 협력 관계로 남기로 한다.
손을 잡기로 한 레일라와 윌리엄
그리고 얼마 뒤, 레일라는 어떤 장소에서 레오니다스의 부러진 창과 헤로도토스의 소실된 역사서 일부를 발견한다. 레일라는 이를 통해 이수족의 유물을 찾아낼 수 있을 거라 생각하고 역사서에 남은 두 사람, 알렉시오스와 카산드라의 DNA 정보를 추적하기 시작한다.
2017년
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'첫 번째 의지의 도구들'이 마침내 피닉스 프로젝트를 가동한다. 그러나 새로운 육체로 부활한 유노의 목숨은 그리 오래가지 못했다. 연구소에 침투한 암살단원 샤를로트가 유노의 목에 암살검을 꽂아 넣은 것이다. 샤를로트는 에루디토의 리더 플로렌시아의 손녀이기도 했다.
본작이 아닌 코믹스로 중요 떡밥을 마무리 지어버린 유비 소프트...
샤를로트 일행이 유노에게서 이길 수 있었던 것은 한 소년의 도움이 컸다. 데스몬드의 아들 엘라이자 마일즈였다. 현자의 의식이 발현된 엘라이자는 이수족과 인간 사이의 혼혈의 피를 이어받었던 아버지보다도 더욱 이수인에 가까운 DNA를 지니게 되었고, 그 때문인지 첫 번째 의지의 도구들에게 납치되었다. 그 과정에서 엘라이자는 어머니를 잃었다. 엘라이자는 울분을 삼키며 유노가 갖고 있던 에덴의 유물 코이누르를 샤를로트에게 전달하여 그들이 암살 작전을 성공하는데 결정적인 도움을 주었다.
또한 현자 연구소를 습격한 것은 암살단 뿐만이 아니었다. '첫 번째 의지의 도구들'을 적대하는 유하니 역시 유노의 시신을 연구소 채로 날려버리며 사실상 확인사살했다. 피닉스 프로젝트도 물거품이 되었다. 이 사건으로 첫 번째 의지의 도구들로 세뇌되었던 암살단원 자스딥이나 시그마 팀의 바이올렛 역시 모두 사망했다. 샤를로트도 탈출하지 못했다.
유노의 죽음. 부활 가능성은 알 수 없다.
한편, 현자로 각성한 엘라이자 마일즈는 본인의 자아를 온전히 유지한 상태에서 이수의 과학자였던 아이타의 지식에 자유롭게 접근이 가능한 상태가 되었다. 과거 대부분의 현자들이 아이타의 기억과 자아가 뒤섞여 점점 미쳐간 것과는 다른 놀라운 결과였다. 엘라이자는 자신의 자아와 아이타의 기억을 분리 수납하여 에덴의 조각의 수호자였던 아이타의 지식을 마음대로 꺼내 쓸 수 있었다. 게다가 엘라이자는 유노로부터 얻은 강력한 에덴의 유물 <코이누르>를 보유했다. 코이누르는 에덴의 조각의 운명을 결속하는 물건이었다.
두각을 보이는 데스몬드의 아들, 엘라이자